抗生素耐药性是全世界一个重要且日益严重的医学问题。海洋生物实验室(MBL)的研究人员和合作者发现了一种新的基因排列，可能有助于人类肠道中的常见细菌脆弱拟杆菌保护自身免受四环素(一种广泛使用的抗生素)的侵害。

虽然这些发现不会直接导致对抗四环素耐药细菌的新方法，但研究人员发现了以前未见过的赋予抗生素耐药性的基因排列。这种理解可能有助于开发新方法，通过基因操作或其他方式限制抗生素抗性基因的传播。

MBL 科学家 Joseph Vineis、Mitchell Sogin 和 Blair Paul 以及来自 MBL、阿贡国家实验室和芝加哥大学的同事在《mBio》杂志上报道了这一发现。

他们研究的细菌——脆弱拟杆菌，是从一名溃疡性结肠炎患者体内回收的，发现这种细菌在炎症期间含量很高。该团队有大量来自炎症性肠病患者的样本可供分析，这些患者经过手术治疗以减轻炎症。

MBL 使用鸟枪法宏基因组学对这些样本进行了研究，该宏基因组学可以生成整个微生物细胞群落中所有遗传物质的序列。它还有助于从群落中培养细菌菌株，提供观察四环素抗性基因在四环素存在下生长时的活性所需的数据。(Vineis 说，当他们开始这项工作时，“能够从宏基因组数据重建基因组在该领域才刚刚起步。这是一种新颖的方法，但现在很常见。”)

“当我们查看数据时，”维尼斯说，“有一个非常强烈的信号”显示细菌基因组特定区域的大量拷贝。其中一个包含许多基因的区域在样本中“非常丰富”，后来他们能够确定“这个特定的高拷贝区域包含四环素抗性……所以我们继续挖掘。”