卵巢巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是因子宫内膜“飘洋过海”，“移民”到卵巢内引发的一种疾病，它是子宫内膜异位症中最常见的一类，与肿瘤性质的卵巢囊肿有本质的区别。

子宫内膜“移民”到卵巢内后，仍受卵巢性激素的周期性影响。

当月经来潮时，“侨居”卵巢内的异位内膜也会发生“月经”样出血，“经血”无法排出体外，只得潴留在卵巢内。

脱落于“经血”中的异位内膜像种子一样，继续种植于卵巢内，就是如此周而复始的循环，月复一月，年复一年，潴留于卵巢内的“经血”越积越多，就形成了由小到大的囊包，医学上称为“卵巢内膜异位囊肿”，由于囊肿内的血是长期潴留的陈旧血，外观呈巧克力糊状，故又称为“卵巢巧克力囊肿”。