交通局的职能主要是负责公路、水运港口及航道、地方铁路的运输行业管理、交通规费（养路费、通行费等）征稽管理、规划建设与保养维护等。

公路局的职能是负责相关地区公路的交通规费（养路费、通行费等）征稽管理、规划建设与保养维护等。

可以看出来，公路局的职能是包含在交通局的职能中的，实际上也是因为各地公路部分的管理业务占较大比例才单独设置公路局，在行政级别上公路局与交通局为平级或低半级，接受交通局的指导工作，内部具体分工有明确界限，相对来说，公路局职能更为具体。

某些交通业务量少的地区只设交通局不另设公路局。

公路局是事业单位，交通局是行政单位，公路局和交通局级别相同，地级市的交通局和公路局同为正县级，县里的都是正科级，公路局属于双重管理，省级公路局是副厅级。

公路局的业务是省市县垂直管理，人事属于地方交通局，但公路局领导班子的任命属于市委和县委，市县两级的交通局只是名义上领导。