上海交通大学深圳研究院于2000年8月经深圳市事业单位登记管理局批准成立，是上海交通大学的有机组成部分，是科技开发、人才培养和高新技术产业基地，是交大事业在华南的延伸。

北京大学深圳研究生院经教育部于2001年4月批准成立，是北京大学与深圳市政府合作创办的，以全日制研究生教育为主的办学实体。

清华大学深圳研究生院直属清华大学，是清华大学与深圳市合作创建的高层次人才培养基地和科技创新基地。

厦门大学深圳研究院是经深圳市人民政府批准设立的副厅级事业机构，也是厦门大学常设在深圳特区的“窗口”单位，福建省外最重要的产、学、研基地，更是联系粤、港、澳地区和东南亚国家校友的平台。

深圳华中科技大学研究院成立于2000年7月，是由华中科技大学与深圳市科技局共建的集科技开发、成果转化、人才培养为一体的事业单位，研究院实行企业化管理，是华中科技大学在深圳的正式代表机构,是首批入驻深圳虚拟大学园的机构之一。

哈尔滨工业大学深圳研究生院是经教育部批准，由哈尔滨工业大学与深圳市政府合作创办的以培养研究生层次人才为主的办学实体，是深圳大学城引进的三家高校之一。

南京大学深圳研究院是南京大学直属机构，设立在深圳市人民政府主办的深圳虚拟大学园内，是经国家编制委员会核准的事业单位法人，主要从事教育培训和科技研究及开发工作。

中山大学深圳研究院的设立，为中山大学全面融入深圳经济社会的发展搭建了广阔的平台，中山大学将把最优势的学科和科技资源带到深圳来，为深圳的发展和创新型广东的建设做出更大的贡献。