关于仙剑奇侠传3中的魔尊重楼和邪剑仙谁更厉害的问题，这是一个比较主观的问题，因为两个角色都有各自的特点和优势，具体谁更厉害还需要根据具体情况而定。

魔尊重楼是神界第一强者，拥有至高无上的权利和超强的实力。他的武功非常高强，甚至可以轻易摧毁整个天界，这也表明了他在整个游戏中的强大实力。

而邪剑仙则是仙剑三的最大反派，同时也是修仙界的一个高手。他的出现也象征着终极boss战挑战开始，邪剑仙擅长用剑术和邪术进行攻击，攻击威力惊人。而且他还具有控制和吸取生命力等技能，可以说是非常难以对付的角色。

因此，从游戏设定和角色特点来看，两者各有优势。魔尊重楼在神界中是无敌的存在，而邪剑仙则是修仙界中的顶尖高手，拥有强大的攻击和控制能力。具体谁更厉害还需要根据游戏中的具体情况来判断。