《命运石之门》的真结局是：在拯救牧濑红流的计划中，冈部伦太郎选择了牺牲自己，利用他的跳跃时间的能力改变了整个未来世界的发展。

最后，世界线发生了变动，冈部伦太郎见到了与自己拯救的世界不同的未来景象。

他成功拯救了牧濑红流，但也因此失去了与同伴们共同生活的机会。

命运石之门背后的深层含义是选择、牺牲和救赎。

每个人都需要面对自己的选择和决定所带来的后果，并承担自己的责任。

最终的结局是冈部伦太郎的救赎之路，他选择了拯救他所爱的人并承担了后果，最终找到了属于自己的救赎之路。

因此，命运石之门的真结局是关于选择和救赎的故事。