亚马逊河水中生活着多种水生生物，亚马逊海豚是世界上体形最大的淡水海豚，成体可达2.6米，还有食人，它们成群生活，可能攻击人畜，虽然有许多专家不认为它们这么可怕，但在1981年在奥比多斯的翻船事故中有300人丧生在它们口中。

在亚马逊河流域的浅水中还有水蟒，是世界上最大的蛇，它们大部分时间在水中，只把鼻孔露出水面，但水蟒一般不攻击渔民。

河中还有几千种鱼类、蟹和龟鳖类生活。